Александровская слобода сыграла очень большую роль в истории России в годы Смутного времени в начале XVII века. "Слобода Александровская, - писал историк Николай Михайлович Карамзин, - как бы представляла Россию и затмевала Москву своею важностью. Туда стремились взоры и сердца сынов отечества; туда и воины, толпами и порознь, конные и пешие, немногие в доспехах, все с мечем или копием и с ревностью". Известно, что в годы Смуты Александровская слобода и ее окрестности были захвачены и разорялись поляками. В результате захвата слободы был перерезан северный путь, связывавший Москву и северные территории. Царь Василий Шуйский послал под слободу войско, чтобы изгнать захватчиков, но руководитель поляков пан Сапега встретил царские войска близ села Софрина и одержал победу. После разгрома московской рати вера в то, что Василий Шуйский может хоть как-то изменить ситуацию, окончательно исчезла и многие жители Александровской слободы и окрестных селений присягнули Лжедмитрию II. Из Александровской слободы была послана делегация в стан Сапеги, где присягнула "царю Дмитрию".
После этого жители слободы нередко участвовали в грабежах и разбоях вместе с польскими бандами. Так, многие слободчане двинулись вместе с поляками громить соседний Ростов Великий. Однако ситуация стала меняться, когда на защиту Москвы и России встал молодой, талантливый полководец Михаил Скопин-Шуйский. Понимая значение Александровской слободы, северного пути, находящегося неподалеку Троице-Сергиева монастыря, Михаил Скопин-Шуйский решил выбить поляков из слободы. "Toe же осени, - отмечает летописец, - боярин князь Михайло Васильевич Скопин-Шуйский ис Переславля-Залесского послал от себя шурина своего Семена Головина со многими людьми и с русскими и с немецкими, с конными и с пешими, под Александрову слободу. И польских и литовских людей тут много побили, и живых поймали, и город взяли". Это была одна из первых побед в годы Смуты.
Михаил Скопин-Шуйский, получив донесение о вытеснении врага из слободы, отдал приказ укрепить слободу, в которой стены почти развалились, острогом (острог - ров с валом, на котором воздвигалась стена из бревен, плотно приставленных друг к другу в вертикальном положении; верхние концы этих бревен были заострены) и сделал ее своей резиденцией. Вскоре в слободу прибыли более 20 тысяч воинов, собранных со всей России. Михаил Скопин-Шуйский провел в слободе несколько месяцев, одержав в это время выдающуюся победу над поляками в окрестностях слободы, под селом Карийским. Отсюда он отправился снимать 18-месячную осаду Троице-Сергиева монастыря, чтобы затем с триумфом войти в Москву - и умереть через несколько дней во время праздничного пира.
Смута усугубила запустение монастыря, начавшееся после смерти Грозного. Стены крепости были разрушены, царский двор, а вместе с ним и вся слобода разграблены и разорены и она начинает возрождаться только в середине XVII века, когда в заброшенной и опустевшей слободе преподобным Лукианом был основан небольшой девичий Успенский монастырь. Вскоре об этом узнали в Москве и стали помогать деньгами и имуществом - так, царевна Ирина Михайловна пожаловала 30 рублей "на монастырское строение", 40 рублей дала царица Мария Михайловна, участвовали деньгами в строительстве обители цари Алексей Михайлович, неоднократно посещавший монастырь и Федор Алексеевич. Бывали в монастыре царевна Софья и соправитель Петра I Иван Алексеевич. Усилиями старца Корнилия территорию монастыря обнесли по линии стен бывшего кремля каменной оградой и начали возводить необходимые монастырские постройки, устроили больницу и трапезную. К концу XVII века бывшая царская резиденция уже ничем не отличалась от десятков монастырей, стоящих по всей России и вмещала более 200 монахинь. Петр I бывал в обители не раз, в 1689 году, прибыв в монастырь вместе с матерью Натальей Кирилловной и супругой Евдокией Лопухиной, он целую неделю занимался "конными экзерцициями". В 1698 году он заточил в монастырь свою сводную сестру Марфу, замешанную в стрелецком бунте. Петровские традиции продолжил его внук Петр II - при нем в стенах обители оказалась в заточении свояченица опального князя Меншикова Варвара Арсеньева. На непродолжительное время в монастырь была помещена даже наследница престола, будущая императрица Елизавета, коротавшая дни за вышиванием. Став императрицей, она время от времени бывала в обители и развлекалась в окрестностях обители соколиной охотой. В 1778 году указом Екатерины II Александровская слобода была переименована в город Александров.
В 1918 году начинается реквизиция помещений монастыря. В монашеских кельях разместился инженерный батальон Красной Армии, в других зданиях - партбюро (в церковно-приходской школе), кухня (в трапезной), под Успенской церковью - бухгалтерские курсы, в настоятельских покоях - детский приют. В 1946 году Троицкий собор вернули верующим и он стал единственным действующим храмом города. В 60-е годы на территории монастыря был открыт музей.
В конце 1991 года монастырь было решено возвратить Церкви и сейчас на территории монастыря продолжается сосуществование монашеской обители и музея. Из святынь в монастыре почитаются мощи преподобного Корнилия, погребенного под алтарем Троицкого собора.
Таких городов, как Александров, где храмы стоят на подвалах, помнящих казни, мало в России. Место ужаса, пыток и казней, место, по тропинкам которого бродил самый загадочный и страшный из российских царей, навсегда оставивший в этих стенах часть своей души, не может не заставить задуматься о тех странных и страшных временах. "Тени прошлого" не просто красивая фраза в Александрове. Эти тени встают из прошлого, выходят из соборных дверей, откидывают вуаль веков и вносят даже в будничную душу печаль, преклонение и задумчивость.