Рождества Богородицы женский монастырь расположен с востока от кремля, прямо за звонницей. Он был основан святителем Феодором, архиепископом Ростовским, между 1390 и 1394 годами. Святитель Феодор (в миру Иоанн) был родным племянником и учеником преподобного Сергия Радонежского. Отец привел Иоанна в Троицкий монастырь, когда тот был еще подростком, и поручил его преподобному Сергию. В двенадцать лет Иоанн стал монахом и впоследствии, по благословению преподобного Сергия, основал в Москве Симоновский монастырь Рождества Богородицы. Духовными детьми святителя Феодора были князь Димитрий Донской, его старшие дети, многие бояре. Святитель Феодор владел греческим языком, был известным книжником, переводчиком, дипломатом, иконописцем и создал одну из первых икон преподобного Сергия Радонежского, послужившую образцом для десятков других икон. В монастыре долго хранились две иконы, написанные святителем Феодором, но позднее исчезли и судьба их неизвестна.
Вплоть до середины XVIII века от истории монастыря сохранились скудные сведения. Обитель горела в 1408 году, разорялась поляками в 1609 году. В 1680-е годы был построен каменный собор Рождества Пресвятой Богородицы - первое каменное здание обители, а в 1715 году собор был расписан. В 1764 году монастырь получил государственное содержание. Следует отметить, что с XVIII столетия Рождественская обитель - единственный монастырь, расположенный в древней части города.
Почти весь комплекс построек монастыря, сохранившихся до наших дней, относится к XVIII и XIX векам. В 1784 году деревянная ограда монастыря была заменена каменной. К Рождественскому собору была пристроена трапезная. В 1817 году над папертью соборной церкви была воздвигнута двухъярусная колокольня, в 1830 - двухэтажный гостиный дом, в 1833-1834 годах - второй этаж над келиями. В 1842 году над воротами монастыря была построена церковь в честь Тихвинской иконы Пресвятой Богородицы. В XIX веке усилиями игуменьи Павлы была увеличена территория монастыря - в юго-восточной его стороне разместились хозяйственные постройки, а в центре монастырского двора был выкопан пруд. В 1889 году на монастырской колокольне появились часы с боем. (Теперь эти часы находятся на городской пожарной башне, переделанной из колокольни Воздвиженской церкви).
В начале XX века в монастыре было более 200 человек монахинь. Тогда же, в начале столетия, монастырь принимает в своих стенах отца Иоанна Кронштадтского и архиепископа Ярославского и Ростовского Тихона (Беллавина), будущего Патриарха Московского и всея Руси.
В 1926 году монастырь был закрыт. В Тихвинской церкви расположилась библиотека, которая находится там до настоящего времени. В 1960-е годы была разобрана колокольня Рождественского собора, лишилась куполов Тихвинская церковь, в монашеских кельях разместились жилые квартиры. Рождественский собор был передан Ростовскому музею, а позднее там разместился городской архив, находившийся там до 1989 года. После выведения архива (это было вызвано аварийным состоянием здания) за храмом никто не следил и к настоящему времени он находится в катастрофическом состоянии и может обрушиться. Только в 1997 году Рождественский монастырь был возвращен церкви и в его стены вселились пять монахинь из Ярославского Толгского монастыря, которые и приступили к восстановлению обители.